La supernova a tout changé. Tandis que l’univers se réorganise, de nouveaux adversaires surgissent et d’innombrables aventures attendent notre nouveau héros, Ren Otani. Le joueur contrôlera ce jeune aventurier, qui pilote une antiquité au passé glorieux, le « Fierté d’Albion », flanqué d’un compagnon assez inhabituel. Ensemble, ils joueront un rôle vital pour l’avenir de l’univers de X : deux humains, seuls face à toute une galaxie. Le destin de cette galaxie est entre les mains des joueurs…